Nach der Verhaftung der Geschwister Scholl wird Alexander Schmorell steckbrieflich gesucht. Alle Fluchtbemühungen scheitern trotz risikoreicher Hilfe aus dem Freundeskreis. Am 24. Februar wird er während eines Bombenangriffes in einem Münchner Luftschutzkeller von einer Bekannten erkannt, verraten und festgenommen. Am 19. April 1943 verurteilt der Volksgerichtshof unter Roland Freisler im zweiten Prozess gegen die Weiße Rose Alexander Schmorell zum Tode. Im Gefängnis München-Stadelheim wird er am 13. Juli 1943 durch das Fallbeil hingerichtet.
Nach der Verhaftung der Freunde am 18. Februar versuchte Schmorell über Innsbruck und Schloss Elmau in die Schweiz zu fliehen. In Elmau konnte er sich mit Hilfe eines russischen Kutschers einige Tage versteckt halten.
Am 22. Februar beauftragte die Gestapo München den Gendarmerie-Posten Mittenwald damit, nach Alexander Schmorell in Schloss Elmau „vertraulich zu fahnden“ und ihn „im Betretungsfall“ festzunehmen. Die Mittenwalder Gendarmen Thalmeier und Merk machten sich auf die Suche, jedoch ohne Erfolg - „es konnte eben dort nirgends jemand unter diesem Namen festgestellt werden.“
Aufgefallen war der Student aber schon am Vortag - als „Alexi“. Unter diesem Namen hatte Schmorell im Gasthof Elmau am Nachmittag des 21. Februar mit der Mutter von Christoph Probst telefoniert. Er wollte von ihr wissen, wo sich sein Freund zur Zeit aufhielt. Die Mutter glaubte ihren Sohn in Aldrans bei Innsbruck. Sie hatte keine Ahnung davon, dass er verhaftet und in München vor den „Volksgerichtshof“ gestellt worden war.
Am 23. Februar, einen Tag nach dem Freislerschen Todesurteil und der Hinrichtung von Hans und Sophie Scholl und von Christoph Probst kamen die Polizisten Thalmeier und Merk erneut nach Elmau, um diesen „Alexi“, dessen Telefongespräch mit der Mutter von Christoph Probst nicht unbemerkt geblieben war, genauer unter die Lupe zu nehmen. Sie fanden den Verdächtigen im Gasthaus Elmau, kontrollierten seinen Reisepass, konnten aber nichts Auffälliges oder Ungesetzliches feststellen. Schmorell hatte sich mit Hilfe von Lilo Ramdohr, einer Münchner Bekannten, die Papiere eines russischen „Fremdarbeiters“ besorgt. Er hieß jetzt Nicolai Nicolaeff, war Student an der TH München und hielt sich in diesen Tagen als Gast in Krün auf. Die Legende und der Reisepass waren perfekt, die Polizisten schöpften bei der Überprüfung der Dokumente keinen Verdacht.
In Schloss Elmau war Schmorell jetzt aber nicht mehr sicher. Seinen Plan, sich vorübergehend in den umliegenden Bergen zu verstecken, ließen Kälte und Schnee aussichtslos erscheinen. Deshalb machte er sich auf den Weg zurück nach München.
Am 24. Februar 1943 von einem Blockwart im Luftschutzkeller am Habsburger Platz entdeckt und der Gestapo übergeben.
Im weiteren Verlauf der Vernehmungen vom 26. Februar, 1., 11., 13. und 18. März schilderte Alexander Schmorell den Weg seiner vorübergehenden Flucht während der steckbrieflichen polizeilichen Verfolgung nach Thalkirchen, Ebenhausen, Kochel am See, Walchensee, Krün, Elmau, Mittenwald und über Kochel erneut zurück nach München. Ferner beschrieb er seinen Werdegang in der Hitlerjugend, im SA-Reitersturm und bei Reserveübungen in der Wehrmacht sowie seine Bekanntschaften mit Prof. Dr. Carl Muth, Prof. Dr. Kurt Huber, Falk Harnack sowie anderen Kommilitonen und Kommilitoninnen. Er erläuterte die Herstellung der verschiedenen Entwürfe und Fassungen der Flugblätter und deren Verteilung bzw. Versendung, ebenso die finanzielle Unterstützung ihrer Aktionen durch Dr. Eugen Grimminger in Stuttgart. Im Verlauf der Verhöre bekannte sich Alexander Schmorell "zum Hochverrat", bestritt aber, sich "auch landesverräterisch betätigt zu haben". Deutlich wies er in der Vernehmung vom 13. März darauf hin, das er nicht in der Lage sei, "einen weiteren Personenkreis namhaft zu machen", der von seiner Straftat gewusst haben könnte. Er erklärte zudem, dass seine Eltern von seinen strafbaren Handlungen "keine Ahnung hatten".
Der Text dokumentiert die Gestapo-Verhörprotokolle im Original.
Aus der Haft vorgeführt, gab Alexander Schmorell folgendes an:
"Wenn mir vorgeworfen wird, dass ich durch die Herstellung und Verbreitung meiner Druckschriften mit Gewalt die Verfassung des Reiches ändern wollte, so gebe ich dazu folgendes an:
Vorweg will ich wieder unterstreichen, dass ich meinem Denken und Fühlen nach mehr Russe als Deutscher bin. Ich bitte aber zu beachten, dass ich deshalb Russland nicht mit dem Begriff Bolschewismus gleichsetze, im Gegenteil ein offener Feind des Bolschewismus bin. Durch den gegenwärtigen Krieg mit Russland geriet ich in eine sehr verwickelte Lage, denn es lag mir daran, wie die Vernichtung des Bolschewismus möglich und die Verhinderung von Landverlust für Russland möglich wäre. Nachdem die Deutschen soweit in das russische Land hinein vorgedrungen sind, sah ich für Russland eine sehr gefährliche Situation. Ich fasste deshalb den Gedanken, wie ich dieser Gefahr für Russland begegnen könnte. Schliesslich habe ich auch einen Teil deutschen Blutes in mir, das im gegenwärtigen Krieg massenhaft zugrunde gerichtet wird. Es waren also zwei Momente, die mich veranlassten etwas zu unternehmen um einerseits das deutsche Volk vor den Gefahren einer grösseren Landeroberung und Erwachsung von weiteren Konflikten zu schützen und Russland den grossen Landverlust zu ersparen. Meine Gedankengänge oder besser gesagt meine Idee wollte ich durch die später hergestellten Flugblätter der Masse des deutschen Volkes verständlich machen. Dabei war ich mir von Anfang an klar darüber, dass sich das deutsche Volk, solange es von Adolf Hitler geführt wird, meiner Idee nicht restlos anschliessen kann. So erklärt sich auch meine Gegnerschaft zum Nationalsozialismus. In der gegenwärtigen Zeit konnte ich mich also nicht damit begnügen nur ein stiller Gegner des Nationalsozialismus zu sein, sondern ich sah mich in der Sorge um das Schicksal zweier Völker verpflichtet, meinen Teil zur Veränderung der Verfassung des Reiches beizutragen. In der Person des Scholl erblickte ich einen Mann, der sich rückhaltslos meiner Idee angeschlossen hatte. Wir zwei versuchten deshalb durch die Herstellung und Verbreitung unserer Druckschriften das deutsche Volk auf die Möglichkeit einer Kriegsverkürzung hinzuweisen. Wenn wir in unseren Flugblättern zur Sabotage aufforderten, so gingen wir von dem Gedanken aus, dadurch den deutschen Soldaten zum Zurückgehen zu zwingen. Wir haben darin die günstigste Lösung für beide Teile (für Deutschland und Russland) gesehen und überhaupt nicht daran gedacht, dass wir der feindlichen Macht jetzt im Kriege Vorschub leisten und der Kriegsmacht des Reiches einen besonderen Nachteil zufügen würden. Wir waren uns jedoch darüber klar, dass die Herstellung von staatsfeindlichen Druckschriften eine Handlung gegen die nationalsozialistische Regierung darstellt, die im Ermittlungsfalle zu schwersten Bestrafungen führen würde. Was ich damit getan habe, habe ich nicht unbewusst getan, sondern ich habe sogar damit gerechnet, dass ich im Ermittlungsfalle mein Leben verlieren könnte. Über das alles habe ich mich einfach hinweggesetzt, weil mir meine innere Verpflichtung zum Handeln gegen den nationalsozialistischen Staat höher gestanden ist.
Ich will nun auf den 18.2.43 zurückkommen, wo Hans Scholl in der Universität wegen Verdachts der Verbreitung von staatsfeindlichen Flugblättern festgenommen wurde. Wie ich schon angegeben, haben Scholl und ich einen oder zwei Tage vorher darüber gesprochen, dass man die restlichen Flugblätter - etwa in der Universität in München ablegen könnte. Etwas Näheres, insbesondere wann das geschehen und von wem das durchgeführt werden soll, ist zwischen uns beiden nicht vereinbart worden. Ich war also sehr erstaunt, als ich am 18.2.43 mittags gegen 12 Uhr mit der Strassenbahn zur Universität gekommen bin und zufällig von dem Medizinstudenten Eichhorn erfahren habe, dass soeben in der Universität zwei Studenten wegen Verbreitung von staatsfeindlichen Druckschriften verhaftet worden seien. Den Namen der festgenommenen Studenten konnte mir Eichhorn nicht nennen. Ich habe aber trotzdem sofort an Hans Scholl gedacht und versuchte von einer Telefonzelle aus mit ihm zu sprechen. Ich konnte aber keine Verbindung bekommen. Auch meine weiteren Versuche Scholl zu erreichen, blieben ohne Erfolg. Als ich etwa um 15 Uhr nochmals bei Scholl angerufen habe, meldete sich dort ein unbekannter Mann, der mir angab, dass Scholl nicht zuhause sei. Es war mir dies eine Bestätigung, dass mit ihm etwas passiert sein müsse. Es gab für mich nun keine andere Möglichkeit mehr, als München zu verlassen
Ein von ihm am 8. März 1943 handschriftlich abgefasstes "politisches Bekenntnis", das von der Gestapo in Schreibmaschinenschrift übertragen wurde (beide Ausfertigungen sind in den Ermittlungsakten überliefert), gab detailliert Auskunft über seine politischen Vorstellungen, seine Liebe zu seinem Heimat- und Geburtsland Russland und seine Haltung zum Nationalsozialismus.
Angaben des Alexander Schmorell:
"Wenn Sie mich fragen, welche Staatsform ich bevorzuge, so muss ich antworten: Jedem Land die seine, die seinem Charakter entsprechende. Eine Regierung ist doch meiner Ansicht nach lediglich die Vertreterin des Volkswillens - sie soll es jedenfalls sein. In einem solchen Falle findet sie dann auch selbstverständlich das Vertrauen des Volkes, das Volk hat sie gerne - es ist ja seine Vertreterin, die Vertreterin seiner Gedanken und seines Willens - das Volk selber. Gegen eine solche Regierung kann das Volk gar nicht sein. Aber sie soll auch seine Führerin sein, denn der einfache Mann kann nicht alles selbst begreifen, selbst entscheiden, er masst es sich auch gar nicht an, er vertraut seinen Führern, der Intelligenz, die es besser versteht, als er. Unbedingt muss aber diese Intelligenzschicht verwachsen sein mit ihrem Volk, muss dasselbe denken und fühlen, wie dieses denn sonst begreift sie ihr Volk nicht und treibt ihre eigene Politik, ohne auf das einfache Volk zu achten, ohne seine Interessen zu verfolgen, von jenem Volk, das doch die jedem Falle die Mehrzahl bildet. Ich bin deshalb auf keinen Fall ein entschiedener Verfechter der Monarchie, der Demokratie, des Sozialismus, oder wie alle die verschiedenen Formen heissen mögen. Was für das eine Land gut ist, sogar das beste, ist für das andere Land vielleicht das verkehrteste, das ihm am wenigsten entsprechende. Überhaupt sind ja alle diese Regierungsformen nur Äusserlichkeiten.
Wenn ich mich schon öfter als Russen bezeichnet habe, so sehe ich für Russland als die einzig mögliche Staatsform unbedingt den Zarismus an. Ich will damit nicht sagen, dass die Staatsform wie sie in Russland bis 1917 geherrscht hat, mein Ideal war - nein. Auch dieser Zarismus hatte Fehler, vielleicht sogar sehr viele - aber im Grunde war er richtig. Im Zaren hatte das russische Volk seinen Vertreter, seinen Vater, den es heiss liebte - und mit Recht. Man sah in ihm nicht sosehr das Staatsoberhaupt, als vielmehr den Vater, Fürsorger, Berater des Volkes - und wiederum mit vollem Recht, denn so war das Verhältnis zwischen ihm und dem Volk. Nicht in Ordnung war in Russland fast die ganze Intelligenz, die die Fühlung mit dem Volke vollständig verloren hatte und sie nicht mehr fand. Aber trotz dieser todkranken Intelligenz, also auch der Regierung halte ich für Russland als die einzig richtige Form den Zarismus. Selbstverständlich wird es in einem Staate, wie ich ihn mir vorstelle, auch eine Opposition geben, immer wird es diese geben, da selten ein ganzes Volk nur einer Meinung ist - aber auch diese muss geduldet und geachtet werden. Denn diese deckt die Fehler der bestehenden Regierung auf - und, welche Regierung macht keine Fehler - und übt Kritik. Diese Fehler gezeigt zu bekommen, um sie gut zu machen, dafür müsste die Regierung direkt dankbar sein.
Sie fragen mich weiter, warum ich mit der nat. soz. Regierungsform nicht einverstanden bin. Weil sie meinem Ideal, wie mir scheint, nicht entspricht. Meiner Ansicht nach stützt sich die nat. soz. Regierung zu sehr auf die Macht, die sie in Händen hat. Sie duldet keine Opposition, keine Kritik, deshalb können die Fehler, die gemacht werden, nicht erkannt, nicht beseitigt werden. Dann glaube ich, dass sie nicht eine reine Ausdrucksform des Volkswillens darstellt. Sie macht es dem Volk unmöglich, seine Meinung zu äussern, sie macht es dem Volke unmöglich, etwas an ihr zu ändern, wenn es (das Volk) auch damit nicht einverstanden ist. Sie ist geschaffen worden, und an ihr darf nicht kritisiert, nichts mehr geändert werden - und das finde ich nicht richtig. Sie müsste mit dem Volksdenken mitgehen, elastisch - nicht nur befehlen. Meiner Ansicht nach müsste eine Regierung, wenn sie sieht, dass das Volk mit ihr in irgend einem Punkt nicht einverstanden ist, es erstens dem Volk ermöglichen, sich zu äussern und zweitens dann diesen Fehler auch ausbessern. Denn sonst entspricht sie ja dem Volkswillen nicht, arbeitet ihm manchmal vielleicht sogar entgegen - und dann ist es keine Vertretung des Volkes mehr. Meiner Ansicht nach hat jetzt jeder Bürger direkt Angst, irgendetwas bei den Regierungsbehörden auszusetzen, weil er sonst bestraft wird. Und das müsste vermieden werden. Ich bin sogar geneigt, der autoritären Staatsform fast immer vor der demokratischen den Vorzug zu geben. Denn wohin uns die Demokratien geführt haben, hab'en' wir alle gesehen. Eine autoritäre Staatsform bevorzuge ich nicht nur für Russland, sondern auch für Deutschland. Nur muss das Volk in seinem Oberhaupt nicht nur den politischen Führer sehen, sondern vielmehr seinen Vater, Vertreter, Beschützer. Und das, glaube ich, ist im nat. soz. Deutschland nicht der Fall.
Und als der Krieg begann, hatte ich das Gefühl, dass die deutsche Regierung auf eine Vergrösserung seiner Landbesitzungen durch Gewalt hinarbeitet. Das entspricht auf keinem Fall meinem Ideal. Ein Volk ist wohl berechtigt, sich an die Spitze aller anderen Völker zu stellen und sie anzuführen zu einer schliesslichen Verbrüderung aller Völker - aber auf keinen Fall mit Gewalt. Nur dann, wenn es das erlösende Wort kennt, es ausspricht, und dann alle Völker freiwillig folgen, indem sie die Wahrheit einsehen und an sie glauben. Auf diesem Wege wird, dessen bin ich sicher, schliesslich eine Verbrüderung ganz Europas und der Welt kommen, auf dem Wege der Brüderlichkeit, des freiwilligen Folgens. Sie können sich vorstellen, dass es mich besonders schmerzlich berührte, als der Krieg gegen Russland, meine Heimat, begann. Natürlich herrscht drüben der Bolschewismus aber es bleibt trotzdem meine Heimat, die Russen bleiben doch meine Brüder. Nichts sähe ich lieber, als wenn der Bolschewismus verschwände, aber natürlich nicht auf Kosten des Verlustes so wichtiger Gebiete, wie sie Deutschland bisher erobert hat, die ja eigentlich fast das ganze Kernrussland umfassen. Ich glaube, sie würden als Deutscher nicht anders denken, wenn angenommen Russland einen so grossen Teil Deutschlands erobert hätte, wie es Deutschland im Osten getan hat! Das ist doch ein ganz selbstverständliches Gefühl - es ist direkt ein Verbrechen, wenn man seinem Vaterlande gegenüber in einem solchen Falle andere Gefühle entgegenbrächte. Das würde doch besagen, dass man ein heimatloser Mensch ist, irgendein internationaler Schwimmer, bei dem es sich nur darum dreht, wo es ihm am besten geht."
Alexander Schmorell
München, den 8. März 1943
Am 13. Juli 1943 wurde Alexander Schmorell im Münchner Gefängnis Stadelheim enthauptet.